Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/comprehensive_rna_expression_matrix/Humancontent_copy
Type ann_data
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • data_types: gene_expression
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • gene_models: reference/Human/gene_models/GENCODE/49/basic/ALL
  • modalities: RNA
  • processing_level: processed_log2
  • reference_genome: reference/Human/genome/ucsc-hg38
  • resolution: single_cell
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: Human
  • vendor: 10x_Genomics

AnnData description 


AnnData object with n_obs × n_vars = 1034819 × 36601 backed at '/gpfs/commons/groups/iossifov_lab/SC_Summaries_GRR/summary/johansen2025Crossspecies/comprehensive_expression_matrix/Human/Human_HMBA_basalganglia_AIT_pre-print.h5ad'
    obs: 'Neighborhood', 'Class', 'Subclass', 'Group', 'Cluster', 'cluster_id', 'cell_type_ontology_term', 'load_id', 'donor_id', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'organism', 'organism_ontology_term_id', 'development_stage', 'anatomical_region', 'anatomical_region_merged', 'anatomical_region_ontology_term_id', 'brain_region_ontology_term_id', 'self_reported_sex', 'self_reported_sex_ontology_term_id', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'suspension_type', 'is_primary_data', 'atac_confidently_mapped_read_pairs', 'atac_fraction_of_genome_in_peaks', 'atac_fraction_of_high_quality_fragments_in_cells', 'atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_tss', 'atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_peaks', 'atac_fraction_of_transposition_events_in_peaks_in_cells', 'atac_mean_raw_read_pairs_per_cell', 'atac_median_high_quality_fragments_per_cell', 'atac_non_nuclear_read_pairs', 'atac_number_of_peaks', 'atac_percent_duplicates', 'atac_q30_bases_in_barcode', 'atac_q30_bases_in_read_1', 'atac_q30_bases_in_read_2', 'atac_q30_bases_in_sample_index_i1', 'atac_sequenced_read_pairs', 'atac_tss_enrichment_score', 'atac_unmapped_read_pairs', 'atac_valid_barcodes', 'gex_fraction_of_transcriptomic_reads_in_cells', 'gex_mean_raw_reads_per_cell', 'gex_median_umi_counts_per_cell', 'gex_median_genes_per_cell', 'gex_percent_duplicates', 'gex_q30_bases_in_umi', 'gex_q30_bases_in_barcode', 'gex_q30_bases_in_read_2', 'gex_q30_bases_in_sample_index_i1', 'gex_q30_bases_in_sample_index_i2', 'gex_reads_mapped_antisense_to_gene', 'gex_reads_mapped_confidently_to_exonic_regions', 'gex_reads_mapped_confidently_to_genome', 'gex_reads_mapped_confidently_to_intergenic_regions', 'gex_reads_mapped_confidently_to_intronic_regions', 'gex_reads_mapped_confidently_to_transcriptome', 'gex_reads_mapped_to_genome', 'gex_reads_with_tso', 'gex_sequenced_read_pairs', 'gex_total_genes_detected', 'gex_valid_umis', 'gex_valid_barcodes', 'total_counts', 'total_genes', 'doublet_score', 'organism_sci', 'accession_group', 'embedding_set', 'CL:ID_group', 'tokens_group', 'display_order_group', 'literature_support', 'literature_name_short', 'literature_name_long', 'curated_markers', 'color_hex_group', 'color_group', 'accession_subclass', 'CL:ID_subclass', 'tokens_subclass', 'display_order_subclass', 'color_hex_subclass', 'color_subclass', 'accession_class', 'CL:ID_class', 'tokens_class', 'display_order_class', 'color_hex_class', 'color_class', 'accession_neighborhood', 'CL:ID_neighborhood', 'tokens_neighborhood', 'display_order_neighborhood', 'color_hex_neighborhood', 'color_neighborhood', 'cell_barcode', 'barcoded_cell_sample_label', 'alignment_job_database'
    var: 'gene_id', 'gene_name', 'feature', 'chromosome', 'start', 'stop', 'n_cells_by_counts', 'mean_counts', 'log1p_mean_counts', 'pct_dropout_by_counts', 'total_counts', 'log1p_total_counts', 'mt', 'highly_variable', 'highly_variable_rank', 'means', 'variances', 'variances_norm', 'highly_variable_nbatches', 'ensembl_id'
    uns: 'AIT117_MapMyCells_Flat_Subclass_label_colors', 'AIT117_MapMyCells_Group_label_colors', 'AIT117_MapMyCells_Subclass_label_colors', 'AIT193_MapMyCells_Flat_Subclass_label_colors', 'AIT193_MapMyCells_Neighborhood_label_colors', 'AIT193_MapMyCells_Subclass_label_colors', 'batch_condition', 'cluster_algorithm', 'cluster_info', 'dataset_purl', 'default_embedding', 'filter', 'gene_annotation_version', 'hierarchy', 'hvg', 'leiden_scVI', 'log1p', 'mode', 'neighbors', 'qc_constraints', 'qc_filtered', 'reference_genome', 'schema_version', 'title', 'umap'
    obsm: 'X_scVI', 'X_umap'
    obsp: 'connectivities', 'distances'
    layers: None (.X)

obs description

Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
Neighborhood 1034819 4 Subpallium GABA 525180 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Class 1034819 12 CN LGE GABA 454685 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Subclass 1034819 36 STR D2 MSN 207640 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Group 1034819 60 Oligo OPALIN 145491 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Cluster 1034819 453 Human-1 141852 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cluster_id 1034819 453 Human-1 141852 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cell_type_ontology_term 1034819 1 CL:0000003 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
load_id 1034819 204 822_A01 10543 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
donor_id 1034819 10 H24.30.004 169312 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
assay 1034819 1 10x multiome 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
assay_ontology_term_id 1034819 1 EFO_0030059 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
organism 1034819 1 Human 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
organism_ontology_term_id 1034819 1 NCBITaxon:9606 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
development_stage 1034819 1 Adult 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region 1034819 19 GPe 147607 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region_merged 1034819 9 Pu 286042 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region_ontology_term_id 1034819 1 Unknown 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
brain_region_ontology_term_id 1034819 1 Unknown 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_sex 1034819 2 Male 566987 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_sex_ontology_term_id 1034819 2 PATO:0000384 566987 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_ethnicity 1034819 1 unknown 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_ethnicity_ontology_term_id 1034819 1 Homo sapiens 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
disease 1034819 1 normal 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
disease_ontology_term_id 1034819 1 PATO:0000461 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
suspension_type 1034819 1 nucleus 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
is_primary_data 1034819 1 True 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
atac_confidently_mapped_read_pairs 1034819.0 NaN NaN NaN 0.89841 0.012082 0.8681 0.8888 0.8983 0.9066 0.9239
atac_fraction_of_genome_in_peaks 1034819.0 NaN NaN NaN 0.035705 0.005644 0.019 0.0315 0.0358 0.0388 0.0548
atac_fraction_of_high_quality_fragments_in_cells 1034819.0 NaN NaN NaN 0.766833 0.09193 0.4509 0.7039 0.7751 0.8486 0.9188
atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_tss 1034819.0 NaN NaN NaN 0.233681 0.031747 0.1539 0.2116 0.2339 0.2534 0.3282
atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_peaks 1034819.0 NaN NaN NaN 0.302951 0.05716 0.1584 0.2613 0.3002 0.3312 0.4831
atac_fraction_of_transposition_events_in_peaks_in_cells 1034819.0 NaN NaN NaN 0.274006 0.05389 0.136 0.2347 0.2698 0.2976 0.4552
atac_mean_raw_read_pairs_per_cell 1034819.0 NaN NaN NaN 149337.521358 66371.93523 29479.2214 105176.3321 144319.0698 178204.1231 1005437.2554
atac_median_high_quality_fragments_per_cell 1034819.0 NaN NaN NaN 35867.399834 12169.589445 2794.0 26815.5 35400.0 43259.0 80846.5
atac_non_nuclear_read_pairs 1034819.0 NaN NaN NaN 0.004697 0.003089 0.001 0.0023 0.0037 0.0062 0.0187
atac_number_of_peaks 1034819.0 NaN NaN NaN 130538.978582 20378.052674 70051.0 116330.0 130864.0 141765.0 200098.0
atac_percent_duplicates 1034819.0 NaN NaN NaN 0.474045 0.107121 0.2004 0.3999 0.4646 0.5388 0.8719
atac_q30_bases_in_barcode 1034819.0 NaN NaN NaN 0.916263 0.020456 0.8503 0.9029 0.9143 0.9368 0.9564
atac_q30_bases_in_read_1 1034819.0 NaN NaN NaN 0.948745 0.012129 0.896 0.9418 0.9506 0.9577 0.9705
atac_q30_bases_in_read_2 1034819.0 NaN NaN NaN 0.943855 0.010659 0.9126 0.9375 0.9444 0.9512 0.9675
atac_q30_bases_in_sample_index_i1 1034819.0 NaN NaN NaN 0.918017 0.027935 0.8098 0.8999 0.9226 0.9413 0.9632
atac_sequenced_read_pairs 1034819.0 NaN NaN NaN 1121421302.63936 412411012.481788 -2057184517.0 1014833725.0 1150092784.0 1325512665.0 1743220201.0
atac_tss_enrichment_score 1034819.0 NaN NaN NaN 4.83209 0.722817 3.1077 4.3378 4.7503 5.2848 7.3273
atac_unmapped_read_pairs 1034819.0 NaN NaN NaN 0.012673 0.004839 0.0069 0.0095 0.0113 0.0142 0.0471
atac_valid_barcodes 1034819.0 NaN NaN NaN 0.977373 0.00748 0.9397 0.9728 0.9794 0.9836 0.9873
gex_fraction_of_transcriptomic_reads_in_cells 1034819.0 NaN NaN NaN 0.842069 0.09706 0.3239 0.8014 0.8663 0.9102 0.9676
gex_mean_raw_reads_per_cell 1034819.0 NaN NaN NaN 157409.046394 66713.966333 35804.0576 115432.7746 150800.3004 185873.5543 982676.2762
gex_median_umi_counts_per_cell 1034819.0 NaN NaN NaN 12558.315188 8496.234736 1356.0 6951.0 9881.5 15876.0 64075.5
gex_median_genes_per_cell 1034819.0 NaN NaN NaN 3856.182052 1411.1679 1095.0 2861.0 3576.0 4731.0 8261.0
gex_percent_duplicates 1034819.0 NaN NaN NaN 0.742887 0.116951 0.2201 0.6743 0.7687 0.8285 0.9545
gex_q30_bases_in_umi 1034819.0 NaN NaN NaN 0.962251 0.01068 0.9316 0.9527 0.9625 0.9724 0.9791
gex_q30_bases_in_barcode 1034819.0 NaN NaN NaN 0.952226 0.011937 0.9223 0.9438 0.9542 0.9614 0.9766
gex_q30_bases_in_read_2 1034819.0 NaN NaN NaN 0.952331 0.013086 0.9112 0.9442 0.9528 0.9632 0.9719
gex_q30_bases_in_sample_index_i1 1034819.0 NaN NaN NaN 0.950195 0.030668 0.7898 0.9371 0.9572 0.9731 0.99
gex_q30_bases_in_sample_index_i2 1034819.0 NaN NaN NaN 0.949499 0.027539 0.8544 0.936 0.9548 0.9704 0.9874
gex_reads_mapped_antisense_to_gene 1034819.0 NaN NaN NaN 0.141999 0.045021 0.0615 0.1067 0.1392 0.1758 0.3679
gex_reads_mapped_confidently_to_exonic_regions 1034819.0 NaN NaN NaN 0.150442 0.020381 0.1125 0.136 0.1475 0.1624 0.2698
gex_reads_mapped_confidently_to_genome 1034819.0 NaN NaN NaN 0.916954 0.018653 0.8155 0.9101 0.9233 0.9286 0.9415
gex_reads_mapped_confidently_to_intergenic_regions 1034819.0 NaN NaN NaN 0.070879 0.004368 0.0569 0.0679 0.0705 0.0731 0.0847
gex_reads_mapped_confidently_to_intronic_regions 1034819.0 NaN NaN NaN 0.695635 0.02531 0.5791 0.6828 0.6999 0.7142 0.7313
gex_reads_mapped_confidently_to_transcriptome 1034819.0 NaN NaN NaN 0.692939 0.041356 0.4558 0.6662 0.6972 0.7243 0.7654
gex_reads_mapped_to_genome 1034819.0 NaN NaN NaN 0.961403 0.009786 0.8914 0.958 0.9646 0.9669 0.9733
gex_reads_with_tso 1034819.0 NaN NaN NaN 0.227014 0.103686 0.0001 0.1463 0.2077 0.3045 0.5894
gex_sequenced_read_pairs 1034819.0 NaN NaN NaN 1238503938.088825 243381293.536943 398105316.0 1072948284.0 1248574187.0 1404982969.0 2073005465.0
gex_total_genes_detected 1034819.0 NaN NaN NaN 33395.804143 360.257912 31357.0 33191.0 33446.0 33626.0 34369.0
gex_valid_umis 1034819.0 NaN NaN NaN 0.997246 0.001696 0.993 0.9959 0.9974 0.9984 0.9996
gex_valid_barcodes 1034819.0 NaN NaN NaN 0.936798 0.016181 0.8003 0.9303 0.9384 0.9466 0.9662
total_counts 1034819.0 NaN NaN NaN 19730.383455 18737.839188 2000.0 5872.0 12494.0 27983.0 99999.0
total_genes 1034819.0 NaN NaN NaN 4474.052069 2196.774214 1001.0 2544.0 4062.0 6295.0 12217.0
doublet_score 1034819.0 NaN NaN NaN 0.056512 0.06884 0.0 0.0 0.030303 0.081081 0.35
organism_sci 1034819 1 Homo sapiens 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_group 1034819 60 CS20250428_GROUP_0025 145491 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
embedding_set 1034819 4 Nonneuron 499952 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_group 979401 28 CL:0000128 201862 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_group 1034819 60 Oligo|OPALIN 145491 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_group 1034819.0 NaN NaN NaN 28.641718 22.60023 1.0 9.0 27.0 52.0 62.0
literature_support 992308 13 He et al. 2021 442986 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_name_short 495399 18 D2-Matrix 131276 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_name_long 6064 2 Border-associated macrophages 3486 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_markers 525646 24 STXBP6 253629 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_hex_group 1034819 58 #488edc 145491 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_group 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_subclass 1034819 36 CS20250428_SUBCL_0029 207640 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_subclass 953395 18 CL:4023029 207640 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_subclass 1034819 36 STR|D2 MSN 207640 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_subclass 1034819.0 NaN NaN NaN 17.801078 13.173496 1.0 7.0 18.0 31.0 36.0
color_hex_subclass 1034819 36 #253c8c 207640 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_subclass 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_class 1034819 12 CS20250428_CLASS_0003 454685 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_class 496177 6 CL:0000095 237063 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_class 1034819 12 CN|LGE|GABA 454685 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_class 1034819.0 NaN NaN NaN 6.056166 3.80892 1.0 3.0 7.0 10.0 12.0
color_hex_class 1034819 12 #d0b83c 454685 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_class 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_neighborhood 1034819 4 CS20250428_NEIGH_0002 525180 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_neighborhood 500235 2 CL:0000000 493522 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_neighborhood 1034819 4 Subpallium|GABA 525180 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_neighborhood 1034819.0 NaN NaN NaN 2.025204 0.995819 1.0 1.0 3.0 3.0 4.0
color_hex_neighborhood 1034819 4 #19613b 525180 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_neighborhood 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cell_barcode 1034819 556413 TAGGCTGTCCGTTAAA 10 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
barcoded_cell_sample_label 1034819 204 822_A01 10543 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
alignment_job_database 1034819 1 AIBS 1034819 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

var description

Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
gene_id 36601 36601 ENSG00000243485 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
gene_name 36601 36601 MIR1302-2HG 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
feature 36601 1 Gene Expression 36601 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
chromosome 36588 39 chr1 3410 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
start 36601.0 NaN NaN NaN 74016536.6749 56141458.259471 -1.0 30200982.0 59456937.0 109912882.0 248906195.0
stop 36601.0 NaN NaN NaN 74028711.933062 56142288.76961 -1.0 30200983.0 59469853.0 109923553.0 248906235.0
n_cells_by_counts 36601.0 NaN NaN NaN 178832.793913 280042.378559 0.0 3119.0 32127.0 242331.0 1656647.0
mean_counts 36601.0 NaN NaN NaN 0.508881 3.281759 0.0 0.00196 0.023084 0.226681 407.683402
log1p_mean_counts 36601.0 NaN NaN NaN 0.214702 0.441945 0.0 0.001958 0.022822 0.204312 6.012941
pct_dropout_by_counts 36601.0 NaN NaN NaN 89.374828 16.638438 1.571976 85.602146 98.091206 99.814688 100.0
total_counts 36601.0 NaN NaN NaN 856499.863911 5523545.2538 0.0 3299.0 38853.0 381528.0 686173972.0
log1p_total_counts 36601.0 NaN NaN NaN 10.240526 3.419025 0.0 8.101678 10.567566 12.851942 20.346642
mt 36601 2 False 36588 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
highly_variable 36601 2 False 32601 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
highly_variable_rank 7448.0 NaN NaN NaN 2423.795654 1059.82959 0.0 1643.0 2628.0 3295.0 3999.0
means 36601.0 NaN NaN NaN 0.544245 3.625133 0.0 0.002005 0.024084 0.239853 462.577791
variances 36601.0 NaN NaN NaN 25.492108 1469.490508 0.0 0.002205 0.032 0.431958 265436.852588
variances_norm 36601.0 NaN NaN NaN 1.072994 0.960478 0.0 0.806648 0.916269 1.01747 60.179838
highly_variable_nbatches 36601.0 NaN NaN NaN 1.092866 2.725198 0.0 0.0 0.0 0.0 10.0
ensembl_id 36601 36601 ENSG00000243485 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

Files

Filename Size md5
Human_HMBA_basalganglia_AIT_pre-print.h5ad 104.6 GB d6196915c41c8865e15a05a9df62bf60
genomic_resource.yaml 949.0 B e4ea781bfbc9e19f1e3e1ed2bd1ad7b3
statistics/