Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/comprehensive_rna_expression_matrix/Macaquecontent_copy
Type ann_data
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • data_types: gene_expression
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • gene_models: reference/Macaque/gene_models/Mmul_10_NCBI_RefSeq
  • modalities: RNA
  • processing_level: processed_log2
  • reference_genome: reference/Macaque/genome/Mmul_10
  • resolution: single_cell
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: Macaque
  • vendor: 10x_Genomics

AnnData description 


AnnData object with n_obs × n_vars = 548281 × 35219 backed at '/gpfs/commons/groups/iossifov_lab/SC_Summaries_GRR/summary/johansen2025Crossspecies/comprehensive_expression_matrix/Macaque/Macaque_HMBA_basalganglia_AIT_pre-print.h5ad'
    obs: 'Neighborhood', 'Class', 'Subclass', 'Group', 'Cluster', 'cluster_id', 'cell_type_ontology_term', 'load_id', 'donor_id', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'organism', 'organism_ontology_term_id', 'development_stage', 'anatomical_region', 'anatomical_region_merged', 'anatomical_region_ontology_term_id', 'brain_region_ontology_term_id', 'self_reported_sex', 'self_reported_sex_ontology_term_id', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'suspension_type', 'is_primary_data', 'atac_confidently_mapped_read_pairs', 'atac_fraction_of_genome_in_peaks', 'atac_fraction_of_high_quality_fragments_in_cells', 'atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_tss', 'atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_peaks', 'atac_fraction_of_transposition_events_in_peaks_in_cells', 'atac_mean_raw_read_pairs_per_cell', 'atac_median_high_quality_fragments_per_cell', 'atac_non_nuclear_read_pairs', 'atac_number_of_peaks', 'atac_percent_duplicates', 'atac_q30_bases_in_barcode', 'atac_q30_bases_in_read_1', 'atac_q30_bases_in_read_2', 'atac_q30_bases_in_sample_index_i1', 'atac_sequenced_read_pairs', 'atac_tss_enrichment_score', 'atac_unmapped_read_pairs', 'atac_valid_barcodes', 'gex_fraction_of_transcriptomic_reads_in_cells', 'gex_mean_raw_reads_per_cell', 'gex_median_umi_counts_per_cell', 'gex_median_genes_per_cell', 'gex_percent_duplicates', 'gex_q30_bases_in_umi', 'gex_q30_bases_in_barcode', 'gex_q30_bases_in_read_2', 'gex_q30_bases_in_sample_index_i1', 'gex_q30_bases_in_sample_index_i2', 'gex_reads_mapped_antisense_to_gene', 'gex_reads_mapped_confidently_to_exonic_regions', 'gex_reads_mapped_confidently_to_genome', 'gex_reads_mapped_confidently_to_intergenic_regions', 'gex_reads_mapped_confidently_to_intronic_regions', 'gex_reads_mapped_confidently_to_transcriptome', 'gex_reads_mapped_to_genome', 'gex_reads_with_tso', 'gex_sequenced_read_pairs', 'gex_total_genes_detected', 'gex_valid_umis', 'gex_valid_barcodes', 'total_counts', 'total_genes', 'doublet_score', 'organism_sci', 'accession_group', 'embedding_set', 'CL:ID_group', 'tokens_group', 'display_order_group', 'literature_support', 'literature_name_short', 'literature_name_long', 'curated_markers', 'color_hex_group', 'color_group', 'accession_subclass', 'CL:ID_subclass', 'tokens_subclass', 'display_order_subclass', 'color_hex_subclass', 'color_subclass', 'accession_class', 'CL:ID_class', 'tokens_class', 'display_order_class', 'color_hex_class', 'color_class', 'accession_neighborhood', 'CL:ID_neighborhood', 'tokens_neighborhood', 'display_order_neighborhood', 'color_hex_neighborhood', 'color_neighborhood', 'cell_barcode', 'barcoded_cell_sample_label', 'alignment_job_database'
    var: 'gene_id', 'gene_name', 'feature', 'chromosome', 'start', 'stop', 'n_cells_by_counts', 'mean_counts', 'log1p_mean_counts', 'pct_dropout_by_counts', 'total_counts', 'log1p_total_counts', 'highly_variable', 'highly_variable_rank', 'means', 'variances', 'variances_norm', 'highly_variable_nbatches', 'ensembl_id'
    uns: 'batch_condition', 'cluster_algorithm', 'cluster_info', 'dataset_purl', 'default_embedding', 'filter', 'gene_annotation_version', 'hierarchy', 'hvg', 'leiden', 'leiden_scVI', 'log1p', 'mode', 'neighbors', 'qc_constraints', 'qc_constraints_1', 'qc_filtered', 'reference_genome', 'schema_version', 'title', 'umap'
    obsm: 'X_scVI', 'X_umap'
    obsp: 'connectivities', 'distances'
    layers: None (.X)

obs description

Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
Neighborhood 548281 4 Subpallium GABA 350843 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Class 548281 12 CN LGE GABA 283736 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Subclass 548281 35 STR D2 MSN 129483 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Group 548281 58 STRd D2 Matrix MSN 83269 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Cluster 548281 388 Macaque-213 47923 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cluster_id 548281 388 Macaque-213 47923 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cell_type_ontology_term 548281 1 CL:0000003 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
load_id 548281 90 936_A03 15121 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
donor_id 548281 8 QM23.50.003 115264 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
assay 548281 1 10x multiome 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
assay_ontology_term_id 548281 1 EFO_0030059 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
organism 548281 1 Macaque 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
organism_ontology_term_id 548281 1 NCBITaxon:9544 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
development_stage 548281 1 Adult 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region 548281 16 PuR 70585 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region_merged 548281 9 Pu 185491 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region_ontology_term_id 548281 1 Unknown 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
brain_region_ontology_term_id 548281 1 Unknown 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_sex 548281 2 Male 390139 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_sex_ontology_term_id 548281 2 PATO:0000384 390139 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_ethnicity 548281 1 unknown 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_ethnicity_ontology_term_id 548281 1 Macaca Mulatta 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
disease 548281 1 normal 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
disease_ontology_term_id 548281 1 PATO:0000461 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
suspension_type 548281 1 nucleus 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
is_primary_data 548281 1 True 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
atac_confidently_mapped_read_pairs 548281.0 NaN NaN NaN 0.886772 0.012924 0.8409 0.8785 0.8882 0.8955 0.9112
atac_fraction_of_genome_in_peaks 548281.0 NaN NaN NaN 0.033667 0.004334 0.0205 0.031 0.0337 0.0363 0.0432
atac_fraction_of_high_quality_fragments_in_cells 548281.0 NaN NaN NaN 0.818604 0.086774 0.4296 0.7728 0.8275 0.8828 0.947
atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_tss 548281.0 NaN NaN NaN 0.218772 0.01704 0.1738 0.2086 0.2151 0.2282 0.2687
atac_fraction_of_high_quality_fragments_overlapping_peaks 548281.0 NaN NaN NaN 0.285599 0.04262 0.1799 0.2527 0.285 0.3154 0.3909
atac_fraction_of_transposition_events_in_peaks_in_cells 548281.0 NaN NaN NaN 0.262316 0.039825 0.157 0.2328 0.2592 0.295 0.3604
atac_mean_raw_read_pairs_per_cell 548281.0 NaN NaN NaN 113301.289272 69570.590393 39462.9989 78757.7259 103127.5041 141930.7426 1992299.2545
atac_median_high_quality_fragments_per_cell 548281.0 NaN NaN NaN 29545.231856 12976.921453 4080.0 20432.0 26210.5 35407.0 74844.0
atac_non_nuclear_read_pairs 548281.0 NaN NaN NaN 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
atac_number_of_peaks 548281.0 NaN NaN NaN 114104.647579 14812.370159 69265.0 103713.0 113921.0 123039.0 146582.0
atac_percent_duplicates 548281.0 NaN NaN NaN 0.459641 0.092659 0.2953 0.3905 0.4449 0.5184 0.9212
atac_q30_bases_in_barcode 548281.0 NaN NaN NaN 0.909242 0.014862 0.8752 0.8986 0.9126 0.9205 0.9396
atac_q30_bases_in_read_1 548281.0 NaN NaN NaN 0.952405 0.011409 0.9214 0.9445 0.9526 0.9627 0.9713
atac_q30_bases_in_read_2 548281.0 NaN NaN NaN 0.945132 0.01062 0.9091 0.9364 0.9468 0.9541 0.9646
atac_q30_bases_in_sample_index_i1 548281.0 NaN NaN NaN 0.917882 0.024706 0.804 0.9024 0.9202 0.934 0.9628
atac_sequenced_read_pairs 548281.0 NaN NaN NaN 1038864274.591202 375778744.300894 -1928545334.0 905418199.0 1059698941.0 1185401631.0 2091675686.0
atac_tss_enrichment_score 548281.0 NaN NaN NaN 5.194113 0.493436 3.615 4.8516 5.1272 5.6063 6.837
atac_unmapped_read_pairs 548281.0 NaN NaN NaN 0.013759 0.00462 0.0079 0.0106 0.0125 0.0158 0.0391
atac_valid_barcodes 548281.0 NaN NaN NaN 0.978025 0.006762 0.9476 0.9749 0.9792 0.9828 0.9871
gex_fraction_of_transcriptomic_reads_in_cells 548281.0 NaN NaN NaN 0.915111 0.069392 0.4592 0.9082 0.9359 0.9494 0.9671
gex_mean_raw_reads_per_cell 548281.0 NaN NaN NaN 113147.495701 77838.648474 9401.9604 61662.8778 98054.8777 137017.0063 987956.716
gex_median_umi_counts_per_cell 548281.0 NaN NaN NaN 11882.881173 6253.970155 1891.0 6515.5 11061.5 16618.0 31419.0
gex_median_genes_per_cell 548281.0 NaN NaN NaN 3744.731271 1208.400739 1060.0 2795.0 3981.0 4830.5 6823.5
gex_percent_duplicates 548281.0 NaN NaN NaN 0.634838 0.154056 0.129 0.4852 0.6877 0.7391 0.9154
gex_q30_bases_in_umi 548281.0 NaN NaN NaN 0.960316 0.011177 0.9143 0.9557 0.9608 0.9673 0.9774
gex_q30_bases_in_barcode 548281.0 NaN NaN NaN 0.958836 0.009559 0.9228 0.953 0.9615 0.9646 0.9755
gex_q30_bases_in_read_2 548281.0 NaN NaN NaN 0.944852 0.016891 0.8603 0.9358 0.9466 0.9584 0.9708
gex_q30_bases_in_sample_index_i1 548281.0 NaN NaN NaN 0.949131 0.028544 0.8326 0.9398 0.9588 0.9679 0.9867
gex_q30_bases_in_sample_index_i2 548281.0 NaN NaN NaN 0.946128 0.0234 0.8617 0.9312 0.9494 0.9655 0.9824
gex_reads_mapped_antisense_to_gene 548281.0 NaN NaN NaN 0.264016 0.051491 0.0932 0.2298 0.2584 0.2923 0.3876
gex_reads_mapped_confidently_to_exonic_regions 548281.0 NaN NaN NaN 0.103358 0.013862 0.0655 0.0948 0.1019 0.116 0.1297
gex_reads_mapped_confidently_to_genome 548281.0 NaN NaN NaN 0.919688 0.050525 0.5282 0.9205 0.9305 0.9347 0.9501
gex_reads_mapped_confidently_to_intergenic_regions 548281.0 NaN NaN NaN 0.126907 0.012586 0.086 0.118 0.1257 0.1357 0.1852
gex_reads_mapped_confidently_to_intronic_regions 548281.0 NaN NaN NaN 0.689427 0.047799 0.35 0.6816 0.6948 0.7099 0.7427
gex_reads_mapped_confidently_to_transcriptome 548281.0 NaN NaN NaN 0.526207 0.059257 0.2537 0.4892 0.5311 0.5674 0.6933
gex_reads_mapped_to_genome 548281.0 NaN NaN NaN 0.948409 0.045404 0.6055 0.9503 0.9579 0.9609 0.9696
gex_reads_with_tso 548281.0 NaN NaN NaN 0.130462 0.093635 0.0001 0.0816 0.1273 0.1688 0.667
gex_sequenced_read_pairs 548281.0 NaN NaN NaN 980771852.377268 359495028.507109 -552674803.0 767741548.0 1005316674.0 1233257557.0 1786245231.0
gex_total_genes_detected 548281.0 NaN NaN NaN 30263.092325 549.158646 27470.0 30057.0 30335.0 30544.0 31353.0
gex_valid_umis 548281.0 NaN NaN NaN 0.998708 0.000848 0.9963 0.9979 0.9993 0.9994 0.9997
gex_valid_barcodes 548281.0 NaN NaN NaN 0.913958 0.043454 0.6778 0.9119 0.9274 0.9408 0.9629
total_counts 548281.0 NaN NaN NaN 14137.358298 11781.420426 2000.0 5008.0 11415.0 19480.0 99978.0
total_genes 548281.0 NaN NaN NaN 3835.116355 1750.807891 1000.0 2263.0 3809.0 5086.0 11170.0
doublet_score 548281.0 NaN NaN NaN 0.033122 0.068958 0.0 0.0 0.0 0.034884 0.85
organism_sci 548281 1 Macaca Mulatta 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_group 548281 58 CS20250428_GROUP_0052 83269 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
embedding_set 548281 4 LGE 283736 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_group 493603 28 CL:4030047 83269 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_group 548281 58 STRd|D2 Matrix MSN 83269 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_group 548281.0 NaN NaN NaN 34.289757 21.31609 1.0 10.0 50.0 53.0 62.0
literature_support 507499 13 He et al. 2021 276946 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_name_short 318530 19 D2-Matrix 83269 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_name_long 4076 2 D1 Islands of Calleja 3473 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_markers 332081 25 STXBP6 150650 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_hex_group 548281 56 #aec7e8 83269 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_group 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_subclass 548281 35 CS20250428_SUBCL_0029 129483 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_subclass 477135 18 CL:4023029 129483 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_subclass 548281 35 STR|D2 MSN 129483 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_subclass 548281.0 NaN NaN NaN 21.143972 12.351264 1.0 7.0 31.0 32.0 36.0
color_hex_subclass 548281 35 #253c8c 129483 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_subclass 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_class 548281 12 CS20250428_CLASS_0003 283736 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_class 184658 6 CL:0000095 91667 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_class 548281 12 CN|LGE|GABA 283736 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_class 548281.0 NaN NaN NaN 7.057403 3.532383 1.0 3.0 10.0 10.0 12.0
color_hex_class 548281 12 #d0b83c 283736 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_class 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_neighborhood 548281 4 CS20250428_NEIGH_0002 350843 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_neighborhood 191501 2 CL:0000000 180642 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_neighborhood 548281 4 Subpallium|GABA 350843 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_neighborhood 548281.0 NaN NaN NaN 2.309387 0.938092 1.0 1.0 3.0 3.0 4.0
color_hex_neighborhood 548281 4 #19613b 350843 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_neighborhood 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cell_barcode 548281 387498 AATAGCTGTAGACAAA 7 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
barcoded_cell_sample_label 548281 90 936_A03 15121 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
alignment_job_database 548281 1 AIBS 548281 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

var description

Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
gene_id 35219 35219 PGBD2 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
gene_name 35219 35219 PGBD2 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
feature 35219 1 Gene Expression 35219 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
chromosome 34643 407 NC_041754.1 3356 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
start 35219.0 NaN NaN NaN 70415529.938272 53802827.947385 -1.0 23641520.5 60408090.0 107618515.5 223609305.0
stop 35219.0 NaN NaN NaN 70423094.694653 53803516.861287 -1.0 23643033.0 60408561.0 107624063.5 223609306.0
n_cells_by_counts 35219.0 NaN NaN NaN 88477.267412 148511.971442 0.0 694.5 12439.0 108445.0 833589.0
mean_counts 35219.0 NaN NaN NaN 0.41285 2.237307 0.0 0.000859 0.016949 0.179249 129.508323
log1p_mean_counts 35219.0 NaN NaN NaN 0.185024 0.401676 0.0 0.000858 0.016807 0.164878 4.871437
pct_dropout_by_counts 35219.0 NaN NaN NaN 89.45572 17.698918 0.657012 87.076065 98.517582 99.917233 100.0
total_counts 35219.0 NaN NaN NaN 346423.152815 1877328.956896 0.0 720.5 14222.0 150408.0 108670693.0
log1p_total_counts 35219.0 NaN NaN NaN 8.98188 3.802032 0.0 6.581332 9.562616 11.921113 18.503833
highly_variable 35219 2 False 31219 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
highly_variable_rank 8423.0 NaN NaN NaN 2404.110596 1031.871948 1.0 1650.25 2565.0 3261.0 3999.0
means 35219.0 NaN NaN NaN 0.405585 2.196056 0.0 0.000833 0.016529 0.177199 126.300571
variances 35219.0 NaN NaN NaN 9.560995 262.779112 0.0 0.000904 0.021048 0.278512 31284.452362
variances_norm 35219.0 NaN NaN NaN 0.978666 0.736364 0.0 0.835306 0.91551 1.00597 39.171072
highly_variable_nbatches 35219.0 NaN NaN NaN 0.9086 2.107177 0.0 0.0 0.0 0.0 8.0
ensembl_id 35219 35219 PGBD2 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

Files

Filename Size md5
Macaque_HMBA_basalganglia_AIT_pre-print.h5ad 31.93 GB a9554e8de4837a5c4f4960a498c97456
genomic_resource.yaml 954.0 B ad4023df6c762172526a44da6bb6c812
statistics/