Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/comprehensive_rna_expression_matrix/Marmosetcontent_copy
Type ann_data
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • data_types: gene_expression
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • gene_models: reference/Marmoset/gene_models/calJac240_pri_NCBI_RefSeq
  • modalities: RNA
  • processing_level: processed_log2
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac240_pri
  • resolution: single_cell
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: Marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

AnnData description 


AnnData object with n_obs × n_vars = 313033 × 35787 backed at '/gpfs/commons/groups/iossifov_lab/SC_Summaries_GRR/summary/johansen2025Crossspecies/comprehensive_expression_matrix/Marmoset/Marmoset_HMBA_basalganglia_AIT_pre-print.h5ad'
    obs: 'Neighborhood', 'Class', 'Subclass', 'Group', 'Cluster', 'cluster_id', 'cell_type_ontology_term', 'load_id', 'donor_id', 'assay', 'assay_ontology_term_id', 'organism', 'organism_ontology_term_id', 'development_stage', 'anatomical_region', 'anatomical_region_merged', 'anatomical_region_ontology_term_id', 'brain_region_ontology_term_id', 'self_reported_sex', 'self_reported_sex_ontology_term_id', 'self_reported_ethnicity', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id', 'disease', 'disease_ontology_term_id', 'suspension_type', 'is_primary_data', 'RNA_library_creation_date', 'RNA_library_prep_set', 'RNA_library_name', 'RNA_tapestation_avg_size_bp', 'RNA_library_num_cycles', 'RNA_lib_quantification_ng', 'RNA_library_pool_name', 'ATAC_library_creation_date', 'ATAC_library_prep_set', 'ATAC_library_name', 'ATAC_tapestation_avg_size_bp', 'ATAC_library_num_cycles', 'ATAC_lib_quantification_ng', 'ATAC_library_pool_name', 'RNA_r1_index', 'RNA_r2_index', 'ATAC_index', 'total_counts', 'total_genes', 'doublet_score', 'organism_sci', 'accession_group', 'embedding_set', 'CL:ID_group', 'tokens_group', 'display_order_group', 'literature_support', 'literature_name_short', 'literature_name_long', 'curated_markers', 'color_hex_group', 'color_group', 'accession_subclass', 'CL:ID_subclass', 'tokens_subclass', 'display_order_subclass', 'color_hex_subclass', 'color_subclass', 'accession_class', 'CL:ID_class', 'tokens_class', 'display_order_class', 'color_hex_class', 'color_class', 'accession_neighborhood', 'CL:ID_neighborhood', 'tokens_neighborhood', 'display_order_neighborhood', 'color_hex_neighborhood', 'color_neighborhood', 'cell_barcode', 'barcoded_cell_sample_label', 'alignment_job_id', 'alignment_job_database'
    var: 'highly_variable', 'highly_variable_rank', 'means', 'variances', 'variances_norm', 'highly_variable_nbatches', 'ensembl_id'
    uns: 'batch_condition', 'cluster_algorithm', 'cluster_info', 'dataset_purl', 'default_embedding', 'filter', 'gene_annotation_version', 'hierarchy', 'hvg', 'log1p', 'mode', 'neighbors', 'reference_genome', 'schema_version', 'title'
    obsm: 'X_scVI', 'X_umap'
    obsp: 'connectivities', 'distances'
    layers: None (.X), 'UMIs'

obs description

Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
Neighborhood 313033 4 Subpallium GABA 169229 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Class 313033 12 CN LGE GABA 116176 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Subclass 313033 34 Oligodendrocyte 77842 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Group 313033 56 Oligo OPALIN 65164 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Cluster 313033 594 Marmoset-7 34662 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cluster_id 313033 594 Marmoset-7 34662 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cell_type_ontology_term 313033 1 CL:0000003 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
load_id 313033 123 P0044_1 8118 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
donor_id 313033 4 cjNutmeg 178386 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
assay 313033 1 10x multiome 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
assay_ontology_term_id 313033 1 EFO:0030059 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
organism 313033 1 Marmoset 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
organism_ontology_term_id 313033 1 NCBI:txid9483 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
development_stage 313033 1 Adult 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region 313033 1 Brain 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region_merged 313033 1 Brain 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
anatomical_region_ontology_term_id 313033 1 unknown 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
brain_region_ontology_term_id 313033 1 unknown 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_sex 313033 1 unknown 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_sex_ontology_term_id 313033 1 unknown 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_ethnicity 313033 1 unknown 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
self_reported_ethnicity_ontology_term_id 313033 1 unknown 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
disease 313033 1 normal 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
disease_ontology_term_id 313033 1 PATO:0000461 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
suspension_type 313033 1 nucleus 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
is_primary_data 313033 1 True 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
RNA_library_creation_date 313033.0 NaN NaN NaN 238913.398929 3703.553491 231010.0 240123.0 240508.0 240927.0 241114.0
RNA_library_prep_set 313033 38 LPLCXR_241111_1 62867 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
RNA_library_name 313033 123 LPLCXR_240507_1_D3 8118 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
RNA_tapestation_avg_size_bp 313033.0 NaN NaN NaN 548.01282 83.223791 368.0 496.0 546.0 582.0 823.0
RNA_library_num_cycles 313033.0 NaN NaN NaN 12.751518 1.448461 9.0 12.0 13.0 14.0 18.0
RNA_lib_quantification_ng 313033.0 110.0 861.0 8719.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
RNA_library_pool_name 313033 8 BR_PXR_240917_1 58245 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
ATAC_library_creation_date 313033.0 NaN NaN NaN 238891.753968 3695.391202 231004.0 240123.0 240507.0 240927.0 241104.0
ATAC_library_prep_set 313033 37 LPLCXA_240123_1 40874 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
ATAC_library_name 313033 123 LPLCXA_240507_1_D9 8118 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
ATAC_tapestation_avg_size_bp 313033.0 NaN NaN NaN 413.426891 23.076698 345.0 396.0 413.0 429.0 509.0
ATAC_library_num_cycles 313033.0 NaN NaN NaN 7.824437 0.689231 6.0 7.0 8.0 8.0 11.0
ATAC_lib_quantification_ng 313033.0 NaN NaN NaN 726.370345 488.776797 14.78 386.0 614.0 1054.0 2520.0
ATAC_library_pool_name 313033 8 BR_PXA_240917_1 58245 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
RNA_r1_index 313033 110 SI-TT-G6_i7 10003 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
RNA_r2_index 313033 110 SI-TT-G6_b(i5) 10003 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
ATAC_index 313033 112 SI-NA-E10 9358 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
total_counts 313033.0 NaN NaN NaN 11865.848329 10485.004962 2000.0 3957.0 8715.0 16676.0 99965.0
total_genes 313033.0 NaN NaN NaN 3618.330329 1802.144647 1000.0 1951.0 3471.0 5008.0 11549.0
doublet_score 313033.0 NaN NaN NaN 0.025045 0.083426 0.000001 0.000474 0.001169 0.004046 0.842655
organism_sci 313033 1 Callithrix jacchus 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_group 313033 56 CS20250428_GROUP_0025 65164 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
embedding_set 313033 4 Nonneuron 133383 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_group 266130 27 CL:0000128 74691 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_group 313033 56 Oligo|OPALIN 65164 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_group 313033.0 NaN NaN NaN 29.577728 20.851433 1.0 9.0 31.0 51.0 62.0
literature_support 270550 13 He et al. 2021 114786 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_name_short 139475 19 D1-Matrix 31781 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_name_long 1561 2 D1 Islands of Calleja 1145 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_markers 150036 24 STXBP6 62233 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_hex_group 313033 54 #488edc 65164 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_group 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_subclass 313033 34 CS20250428_SUBCL_0022 77842 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_subclass 259533 17 CL:0000128 77842 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_subclass 313033 34 Oligodendrocyte 77842 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_subclass 313033.0 NaN NaN NaN 18.604764 12.083039 1.0 7.0 21.0 31.0 36.0
color_hex_subclass 313033 34 #def476 77842 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_subclass 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_class 313033 12 CS20250428_CLASS_0003 116176 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_class 135487 6 CL:0000095 91955 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_class 313033 12 CN|LGE|GABA 116176 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_class 313033.0 NaN NaN NaN 6.298729 3.481512 1.0 3.0 7.0 10.0 12.0
color_hex_class 313033 12 #d0b83c 116176 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_class 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_neighborhood 313033 4 CS20250428_NEIGH_0002 169229 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
CL:ID_neighborhood 142509 2 CL:0000000 133383 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
tokens_neighborhood 313033 4 Subpallium|GABA 169229 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
display_order_neighborhood 313033.0 NaN NaN NaN 2.115349 0.977283 1.0 1.0 3.0 3.0 4.0
color_hex_neighborhood 313033 4 #19613b 169229 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
color_neighborhood 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cell_barcode 313033 255473 CCTTACTCAGTTAAAG 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
barcoded_cell_sample_label 313033 123 P0044_1 8118 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
alignment_job_id 313033.0 NaN NaN NaN 242602.018663 5512.866659 231224.0 240323.0 240807.0 250114.0 250114.0
alignment_job_database 313033 1 Princeton 313033 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

var description

Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
highly_variable 35787 2 False 31787 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
highly_variable_rank 6000.0 NaN NaN NaN 2327.477295 1090.57666 0.0 1493.5 2521.0 3233.0 3999.0
means 35787.0 NaN NaN NaN 0.451908 2.128908 0.0 0.000766 0.017578 0.223373 117.638746
variances 35787.0 NaN NaN NaN 9.747747 187.929581 0.0 0.000817 0.022448 0.354639 19348.71073
variances_norm 35787.0 NaN NaN NaN 0.990873 0.763968 0.0 0.809481 0.925079 1.005678 63.049012
highly_variable_nbatches 35787.0 NaN NaN NaN 0.44709 1.128731 0.0 0.0 0.0 0.0 4.0
ensembl_id 35787 1 unknown 35787 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

Files

Filename Size md5
Marmoset_HMBA_basalganglia_AIT_pre-print.h5ad 29.81 GB 1b4a694d5ac55e37ed3274e9cbf01b1d
genomic_resource.yaml 972.0 B d1b733aa944c8581f6890acd77ba60c4
statistics/