Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/rna_expression_metadata/HMBA-MERSCOPE-H22.30.001-BG/20260228/cell_metadatacontent_copy
Type data_frame
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • directory: HMBA-MERSCOPE-H22.30.001-BG
  • release_date: 20260228
  • sequencing_platform: Illumina
  • vendor: 10x_Genomics
Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
cell_label 5431560 5431560 1324989690_1-20250227 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
brain_section_label 5431560 95 H22.30.001.CX.19.03.07.01 105485 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
brain_section_barcode 5431560.0 NaN NaN NaN 1325569872.055579 24533599.576211 1304618482.0 1308461491.0 1322691967.0 1326499925.0 1426549599.0
segmentation_job_id 5431560 1 sis_cellpose_v1 5431560 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
x_experiment 5431560.0 NaN NaN NaN 5503.449493 2592.405201 -222.52191 3483.22685 5416.2775 7365.5085 14276.9375
y_experiment 5431560.0 NaN NaN NaN 5660.200056 2697.019717 -288.8937 3531.196525 5567.6697 7673.79725 13317.007
qc_pass 5431560 2 True 4201258 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
dataset_label 5431560 1 HMBA-MERSCOPE-H22.30.001-BG 5431560 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
feature_matrix_label 5431560 1 MERSCOPE-H22.30.001-BG 5431560 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
abc_sample_id 4260113 4260113 ddc7b0c5-1bb0-4f02-a1e4-ddacac84c9aa 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

Files

Filename Size md5
cell_metadata.csv.gz 172.58 MB c8111f67819a77f43dfc0eb5de95a79a
genomic_resource.yaml 744.0 B 0a0f730765b1dbe77176b7859c2c6e86
statistics/