Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/rna_expression_metadata/HMBA-MERSCOPE-H22.30.001-BG/20260228/cell_supplemental_metadatacontent_copy
Type data_frame
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • directory: HMBA-MERSCOPE-H22.30.001-BG
  • release_date: 20260228
  • sequencing_platform: Illumina
  • vendor: 10x_Genomics
Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
cell_label 5431560 5431560 1324989690_1-20250227 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
total_counts 5431560.0 NaN NaN NaN 103.032989 153.57622 0.0 14.0 48.0 128.0 5706.0
total_counts_genes 5431560.0 NaN NaN NaN 102.758505 153.091859 0.0 13.0 48.0 128.0 5678.0
n_genes_by_counts 5431560.0 NaN NaN NaN 30.241479 27.215611 0.0 9.0 23.0 43.0 264.0
total_counts_Blank 5431560.0 NaN NaN NaN 0.274484 0.756945 0.0 0.0 0.0 0.0 44.0
pct_counts_Blank 5405609.0 NaN NaN NaN 0.305196 1.774995 0.0 0.0 0.0 0.0 50.0
genes_filter 5431560 2 False 4825118 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
counts_filter 5431560 2 False 4333512 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
blanks_filter 5431560 2 False 5271794 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
doublets_filter 5431560 2 False 5286669 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
qc_pass_and_singlet 5431560 2 True 4056367 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
doublet_singlet_score_diff 4201258.0 NaN NaN NaN -1.494497 2.569912 -17.06542 -2.569316 -1.06575 0.167051 7.221144
doublet_diff_threshold 5431560.0 NaN NaN NaN 2.181385 0.092737 1.835955 2.135339 2.181229 2.246723 2.395713
STAligner_mclust_res_10_knn_15 5259544.0 NaN NaN NaN 5.672656 2.792172 1.0 4.0 6.0 7.0 10.0
segmentation_job_id 5431560 1 sis_cellpose_v1 5431560 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

Files

Filename Size md5
cell_supplemental_metadata.csv.gz 76.28 MB 8dc404e51974dbfeea9809a5f3e842f6
genomic_resource.yaml 757.0 B 3f2366efbb3144c069c7e7281281306e
statistics/