Resource
| Id | summary/johansen2025Crossspecies/rna_expression_metadata/HMBA-MERSCOPE-QM23.50.001-BG/20250630/cell_supplemental_metadata |
|---|---|
| Type | data_frame |
| Version | 0 |
| Summary |
Meta data file for expression subset HMBA-MERSCOPE-QM23.50.001-BG
|
| Description | |
| Labels |
|
| Columns | count | unique | top | freq | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cell_label | 3255402 | 3255402 | 1291813781_1-20250227 | 1 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| total_counts | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 480.158656 | 423.699397 | 1.0 | 195.0 | 366.0 | 617.0 | 10448.0 |
| total_counts_genes | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 478.55671 | 422.047721 | 0.0 | 195.0 | 365.0 | 615.0 | 10419.0 |
| n_genes_by_counts | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 90.550971 | 44.393028 | 0.0 | 59.0 | 84.0 | 118.0 | 288.0 |
| total_counts_Blank | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 1.601946 | 2.417904 | 0.0 | 0.0 | 1.0 | 2.0 | 140.0 |
| pct_counts_Blank | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 0.351822 | 1.088242 | 0.0 | 0.0 | 0.210084 | 0.45045 | 50.0 |
| genes_filter | 3255402 | 2 | False | 3220921 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| counts_filter | 3255402 | 2 | False | 3204645 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| blanks_filter | 3255402 | 2 | False | 3210944 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| incongruous_pairs_pct | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 0.083997 | 0.324983 | 0.0 | 0.0 | 0.017366 | 0.08179 | 100.0 |
| incongruous_genes_pct | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 0.940084 | 1.455989 | 0.0 | 0.0 | 0.430571 | 1.158301 | 100.0 |
| doublets_filter | 3255402 | 2 | False | 3167754 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| qc_pass_and_singlet | 3255402 | 2 | True | 3077065 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| doublet_singlet_score_diff | 3164713.0 | NaN | NaN | NaN | -1.55375 | 2.067249 | -12.030942 | -2.941354 | -1.602445 | -0.205994 | 7.564206 |
| doublet_diff_threshold | 3255402.0 | NaN | NaN | NaN | 2.569831 | 0.092979 | 2.322453 | 2.508574 | 2.571332 | 2.636329 | 2.850248 |
| STAligner_leidenalg_res_0.8_knn_15 | 3226812.0 | NaN | NaN | NaN | 5.43206 | 4.657026 | 0.0 | 1.0 | 4.0 | 9.0 | 37.0 |
| registration_subset_label | 179070.0 | NaN | NaN | NaN | 0.065969 | 0.248228 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 1.0 |
| segmentation_job_id | 3255402 | 1 | sis_cellpose_v1 | 3255402 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
Files
| Filename | Size | md5 |
|---|---|---|
| cell_supplemental_metadata.csv.gz | 108.5 MB | 54cfb1ae4483b6d4de504689c96ea3d7 |
| genomic_resource.yaml | 759.0 B | 53a043ff0255a69b239194a6dc9e7872 |
| statistics/ |