Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/rna_expression_metadata/HMBA-MERSCOPE-QM23.50.001-BG/20250630/mmc_resultscontent_copy
Type data_frame
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • directory: HMBA-MERSCOPE-QM23.50.001-BG
  • release_date: 20250630
  • sequencing_platform: Illumina
  • vendor: 10x_Genomics
Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
cell_label 3255402 3255402 1291813781_1-20250227 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Neighborhood 3255402 5 Nonneuron 2403760 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Neighborhood_bootstrapping_probability 3255402.0 NaN NaN NaN 0.995628 0.034899 0.21 1.0 1.0 1.0 1.0
Neighborhood_correlation_coefficient 3255402.0 NaN NaN NaN 0.5228 0.108781 -0.0108 0.4668 0.5375 0.5994 0.8314
Class 3255402 13 OPC-Oligo 1368271 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Class_bootstrapping_probability 3255402.0 NaN NaN NaN 0.991731 0.048442 0.19 1.0 1.0 1.0 1.0
Class_correlation_coefficient 3255402.0 NaN NaN NaN 0.522828 0.108707 -0.0108 0.4668 0.5375 0.5994 0.8314
Subclass 3255402 36 Oligodendrocyte 1263951 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Subclass_bootstrapping_probability 3255402.0 NaN NaN NaN 0.985034 0.064502 0.19 1.0 1.0 1.0 1.0
Subclass_correlation_coefficient 3255402.0 NaN NaN NaN 0.52285 0.108651 -0.0108 0.4669 0.5375 0.5994 0.8314
Group 3255402 59 Oligo OPALIN 996291 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Group_bootstrapping_probability 3255402.0 NaN NaN NaN 0.964417 0.095096 0.19 0.99 1.0 1.0 1.0
Group_correlation_coefficient 3255402.0 NaN NaN NaN 0.522845 0.10863 -0.0108 0.4669 0.5375 0.5994 0.8314
cluster_id 3255402 475 Macaque-284 287123 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
cluster_id_bootstrapping_probability 3255402.0 NaN NaN NaN 0.905653 0.144846 0.17 0.86 0.99 1.0 1.0
cluster_id_correlation_coefficient 3255402.0 NaN NaN NaN 0.522842 0.108564 -0.0108 0.4669 0.5375 0.5994 0.8312
hierarchy_consistent 3255402 2 True 3246497 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Neighborhood_entropy 3255402.0 NaN NaN NaN 0.010636 0.07114 0.0 0.0 0.0 0.0 1.352191
Class_entropy 3255402.0 NaN NaN NaN 0.020441 0.102131 0.0 0.0 0.0 0.0 1.663921
Subclass_entropy 3255402.0 NaN NaN NaN 0.037512 0.138339 0.0 0.0 0.0 0.0 1.942407
Group_entropy 3255402.0 NaN NaN NaN 0.08839 0.198732 0.0 0.0 0.0 0.056002 1.9649
cluster_id_entropy 3255402.0 NaN NaN NaN 0.235841 0.307455 0.0 0.0 0.056002 0.43967 2.326531

Files

Filename Size md5
genomic_resource.yaml 744.0 B 9fea517f5b6e86b9616a6f00e2c71038
mmc_results.csv.gz 84.22 MB 8ae34e3be2012167a96eaebcd2dcbbf8
statistics/