Resource
| Id | summary/johansen2025Crossspecies/rna_expression_metadata/HMBA-Xenium-CJ23.56.004-BG/20250630/cell_supplemental_metadata |
|---|---|
| Type | data_frame |
| Version | 0 |
| Summary |
Meta data file for expression subset HMBA-Xenium-CJ23.56.004-BG
|
| Description | |
| Labels |
|
| Columns | count | unique | top | freq | mean | std | min | 25% | 50% | 75% | max |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cell_label | 1355089 | 1355089 | 1382042951_abmkfncc-1-20250227 | 1 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| total_counts | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 363.72634 | 372.050937 | 0.0 | 101.0 | 218.0 | 519.0 | 6450.0 |
| total_counts_genes | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 363.355792 | 371.74633 | 0.0 | 101.0 | 218.0 | 518.0 | 6443.0 |
| total_counts_control_probe | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 0.2634 | 0.618571 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 23.0 |
| total_counts_genomic_control | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| total_counts_control_codeword | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 0.020492 | 0.148287 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 4.0 |
| total_counts_unassigned_codeword | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 0.086656 | 0.330936 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 7.0 |
| total_counts_deprecated_codeword | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| cell_area | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 96.769714 | 51.73659 | 2.032031 | 61.141565 | 86.158128 | 126.166567 | 1018.002537 |
| nucleus_area | 1350102.0 | NaN | NaN | NaN | 51.853993 | 26.397884 | 1.128906 | 33.505939 | 49.581564 | 69.043909 | 342.690794 |
| n_nuclei_in_cell | 1355089.0 | NaN | NaN | NaN | 0.997447 | 0.070516 | 0.0 | 1.0 | 1.0 | 1.0 | 5.0 |
| segmentation_method | 1355089 | 3 | Segmented by interior stain (18S) | 1309993 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| segmentation_job_id | 1355089 | 1 | 10X cell segmentation kit - default | 1355089 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
Files
| Filename | Size | md5 |
|---|---|---|
| cell_supplemental_metadata.csv.gz | 39.25 MB | 6125043c61e9ae7dd3941cc8a55c4e1b |
| genomic_resource.yaml | 755.0 B | 3c2f483f2d136e9c948d101ef7bea2b7 |
| statistics/ |