Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/supplementary_table/S3.1content_copy
Type data_frame
Version 0
Summary
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • sequencing_platform: Illumina
  • vendor: 10x_Genomics
Columns count unique top freq mean std min 25% 50% 75% max
Group 61 61 Astrocyte 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
accession_group 61 61 CS20250428_GROUP_0039 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_ABC_WMB_neighborhood 61 4 Subpallium-GABA 37 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_ABC_WMB_class 61 15 CNU-MGE GABA 13 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_ABC_WMB_subclass 58 42 Oligo NN 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_ABC_WMB_supertype 56 49 1184 MOL NN_4 3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
curated_ABC_WMB_cluster 7 5 all_clusters 3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
abc_atlas_access 61 2 True 53 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
genomics_support 61 6 annotation, alignment 46 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
genomics_notes 2 2 Subset of 0279 STR D2 Gaba_6 and _4 aligns to STRd D2 Striosome MSN. Confirm if subcluster of 0277 STR D2 Gaba_4 is Striosome in mouse (Oprm1+). 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
spatial_support 11 11 good alignment 1 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
expert_support 0.0 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
literature_support 4 1 doi:10.1101/2024.06.18.599583 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Human_ABCmouse_MapMyCells_CLAS_label 61 12 08 CNU-MGE GABA | 07 CTX-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Macaque_ABCmouse_MapMyCells_CLAS_label 61 12 08 CNU-MGE GABA | 07 CTX-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Marmoset_ABCmouse_MapMyCells_CLAS_label 61 12 07 CTX-MGE GABA | 08 CNU-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
reciprocal_hits_ABCmouse_MapMyCells_CLAS_label 50 11 07 CTX-MGE GABA | 08 CNU-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Human_ABCmouse_MapMyCells_SUBC_label 61 36 062 STR D2 Gaba 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Macaque_ABCmouse_MapMyCells_SUBC_label 59 35 062 STR D2 Gaba 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Marmoset_ABCmouse_MapMyCells_SUBC_label 58 34 062 STR D2 Gaba 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
reciprocal_hits_ABCmouse_MapMyCells_SUBC_label 60 34 243 PGRN-PARN-MDRN Hoxb5 Glut 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Human_ABCmouse_MapMyCells_SUPT_label 60 55 1184 MOL NN_4 3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Macaque_ABCmouse_MapMyCells_SUPT_label 58 53 1184 MOL NN_4 3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Marmoset_ABCmouse_MapMyCells_SUPT_label 56 51 1184 MOL NN_4 3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
reciprocal_hits_ABCmouse_MapMyCells_SUPT_label 58 51 1184 MOL NN_4 3 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Human_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Class_label 61 12 08 CNU-MGE GABA | 07 CTX-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Macaque_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Class_label 61 12 08 CNU-MGE GABA | 07 CTX-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Marmoset_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Class_label 61 12 07 CTX-MGE GABA | 08 CNU-MGE GABA 11 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
reciprocal_hits_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Class_label 58 10 24 MY Glut 12 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Human_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Subclass_label 61 34 327 Oligo NN 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Macaque_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Subclass_label 59 33 327 Oligo NN 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Marmoset_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Subclass_label 58 32 327 Oligo NN 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
reciprocal_hits_HMBA_WB_Human_MapMyCells_Subclass_label 56 31 327 Oligo NN 4 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

Files

Filename Size md5
Supplemental Table S3.1.xlsx 28.26 KB 63e020c8eb32f10aa52797167eb20057
genomic_resource.yaml 370.0 B 7259b70e2963795a81b75c29b76e8284
statistics/